Do século IX ao século XI
Papa João VIII (872-882) manda erguer uma cinta de fortificação ao redor da Basílica e de sua abadia, para protegê-las de eventuais ataques: esse conjunto é nomeado “Joanópolis”.
Papa Gregório Magno (1073-1085), abade do mosteiro antes de ser eleito Papa, manda suspender o piso do transepto, ligando-o à nave, faz erigir um campanário (destruído no século XIX), ao mesmo tempo em que a entrada principal da Basílica é dotada de uma esplêndida porta bizantina[1], composta de 54 painéis gravados em tauxia de prata.
A idade de ouro
Inocêncio III (1198-1216) manda recompor o grande mosaico da abside (24 m de largura por 12 m de altura) exatamente como se apresenta em nossos dias, e o papa Honório III completa o time de mosaicistas com artistas venezianos que tinham trabalhado na Basílica de São Marcos, em Veneza.
São muitas as contribuições artísticas, como o baldaquino gótico de Arnolfo di Cambio, sobre o altar papal e o túmulo, a decoração da fachada de Pietro Cavallini, o claustro dos Vassalletto e, enfim, o candelabro monumental de Nicola D’Angelo e Pietro Vassalletto.
A Basílica passa a ser então não apenas um lugar importante de peregrinação, mas um tesouro das artes paleocristã, bizantina e gótica, universalmente reconhecido.
Os Jubileus
A partir do século XIV, a prática dos Jubileus atrai peregrinações ao túmulo do Apóstolo, e nessas ocasiões os papas realizam importantes reformas. Bonifácio IX (1389-1405) e depois Martinho V (1417-1431) convidam os fiéis a fazerem ofertas com essa finalidade, concedendo a eles as indulgências ligadas à oração e à penitência.
Gregório XIII manda acrescentar a balaustrada ao redor do túmulo, para o Jubileu de 1575.
Clemente VIII manda realçar o altar-mor para o Jubileu de 1600, enquanto, em 1625, Urbano VIII pede a Carlo Maderno a transformação da capela de São Lourenço.
Bento XIII, para o Jubileu de 1725, encomenda a construção de um novo pórtico a Antonio Canevari, que derruba o antigo vestíbulo e acrescenta a capela do Crucifixo (ou do Santo Sacramento), para nela inserir o crucifixo “milagroso” em madeira policroma atribuído a Tino di Camaino, de Sena (século XIV); nela também se vê um ícone em mosaico (século XIII) e uma comovente estátua-relíquia em madeira policroma de São Paulo, que traz vestígios do incêndio de 1823.
Altares e capelas que dão para o transepto tornam a Basílica testemunha da arte barroca.
O incêndio de 1823
Numa só noite, a Basílica foi destruída pelas chamas.
Um amplo apelo é lançado pelo papa Leão XII a todos os fiéis[1]: a Basílica será reconstruída tal e qual era, reutilizando as partes poupadas pelo fogo, de modo que seja preservada a tradição cristã de suas origens.
Fazem-se reposicionamentos, restaurações, demolições, reconstruções[2]. Não apenas os católicos respondem em massa, mas chegam doações do mundo inteiro, como os blocos de malaquita e de lazurita doados pelo czar Nicolau I, que servirão para os dois suntuosos altares laterais do transepto, ou como as colunas e as janelas de finíssimo alabastro, presentes do rei Fouad I, do Egito, ou ainda as colunas de alabastro oferecidas pelo vice-rei do Egito, Mohamed Ali[3]. É o mais imponente canteiro de obras da Igreja de Roma do século XIX.
Em 10 de dezembro de 1854, o papa Pio IX (1846-1876) consagra a “nova” Basílica, na presença de grande número de cardeais e bispos, vindos a Roma do mundo inteiro para a proclamação do Dogma da Imaculada Conceição.